昆曲从晚明开始就经常在封建贵族及宫廷中演出，日益脱离人民，脱离现实，形式主义的倾向日趋严重，到清代中叶便转入衰落时期。许多原来的优点到一定阶段，便转化而成为缺点。昆曲的曲词以典雅美丽见长，但到了乾嘉之世，曲词晦涩，大多数人不能理解。昆曲的唱腔以悠扬宛转见长，在它新起的时候，听者感觉回肠荡气，到后来节奏愈趋缓慢低沉，行腔转调过于细密，大多数人不能欣赏。由于偏重曲词的欣赏，忽视作品的内容，题材范围也日益狭小，这些都限制了它的发展和改进。到了十八世纪后期，剧坛上出现了大家所熟知的“花部”与“雅部”之争，导致了昆剧消衰的局面。
在康熙年间，在各地就已经蓬勃兴起了各种地方声腔，如京腔、秦腔、弋阳腔、梆子腔、罗罗调、二簧调，统谓之乱弹，即“花部”。“雅部”即昆山腔。花部诸腔，和被士大夫视为“雅乐”、目为“正音”的昆曲不同，它们起自草野水泽，观众主要是普通民众，表演具有“其词直质、虽妇孺亦能解；其音慷慨，血气为之动荡”的特点。音乐上乱弹以板式变化体的音乐结构取代了南北曲中以曲牌联套的音乐结构，同时采用完整的七字句或十字句的唱词句法取代了长短不齐形式谨严的曲牌句法，腔调深为当地民众所熟悉，演出简捷方便，文词通俗易懂，内容清新质朴，具有强烈的民间情感倾向，因此深受群众喜爱。
乾隆年间的“太平盛世”延伸到嘉庆时期，已经是日薄西山，清王朝歌舞升平的美梦被日益动荡的社会现实所敲破。嘉庆以后国力日弱，内府空虚，连“南府”这一内廷演剧机构也感到经济上的窘迫。内廷大戏只落得支撑的局面，皇帝本身也不迷恋于戏曲。其次，家庭戏班大量减少，城中士农工商看 戏的场所主要进入买票的戏园子或茶座。政治上有地位的文人通常是家班的主人，他们大多热衷于雅部昆剧，但他们却把持不了剧场的演出，而剧场演出影响之大尤非家班所能比拟。这种因时代而产生的演剧变化，总的看是不利于昆剧与其它剧种的竞争。
乾隆五十五年（1790），为贺乾隆皇帝80寿诞，循以往旧例，各地官员依然征召戏班入京，《扬州画舫录》记载：“迨长生还四川，高朗亭入京师，以安庆花部合京、秦两腔，名其班曰‘三庆’”。这就是“花雅之争”中的一件大事--徽班进京。徽班是指以演唱二簧调为主的戏班，高朗亭率领色艺最 优的安庆徽班--三庆班进京后，迅速为二簧调在北京剧坛打开局面，四喜班、和春班、春台班也接踵而至，花部全面告捷。花雅之争，以雅部昆曲失败而告终。
花雅之争不是完全对立而是互争雄长，在争的过程中互相交流、吸收，每每造成后来的昆乱同台。这对昆剧本身说是舞台上的地盘逐渐缩小，但对戏曲发展来说，却又作出新的贡献。昆剧称为“百戏之师”，正源于此。随着昆曲的衰落，文人传奇的创作也趋向低潮。这时他们的传奇绝大多数是宣扬封建伦理道德的作品，或用以娱宾遣兴的风情喜剧。这些作品语言典雅、结构冗长，专讲格律、填词，无视戏曲的舞台艺术特点。就思想内容和艺术成就各方面考查，已是传奇创作的尾声。这时期比较值得注意的传奇作家有唐英、蒋士铨等。
至光绪年间，昆剧开始没落。“北京的梨园子弟学戏，在同光年间尚是昆乱并学，到光绪庚子之后，则专学皮黄了”（梅兰芳）。上海的昆班活动，同光年间以三雅园为主，昆班的力量逐渐分化削弱。光绪十七年起直至民初，以张氏味莼园（张园）的活动为主，其间曾聘苏州昆班、宁波昆班来沪演出，但不过是苟延残喘而已，至此昆班力量全部瓦解。在苏州，尚存戏园三家，演剧之风比之于乾、嘉间相差甚远，四大“坐城班”，即“大章”、“大雅”、“全福”、“鸿福”，为了营业不得不跑向江湖、外出谋生。“大章”与“大雅”先期解散，部分演员归入“鸿福”或“全福”，其余或转入京班、或当“拍先”度日。作为昆曲支派的宁昆、永昆与湘昆也先后没落了。
北方的昆剧班社与南方有不同之处，咸丰以来面向广大观众的昆班已经绝迹，但在晚清，名公宗室内部私办的昆弋班社始终不断。这些班社虽只在府内演出，但其演员主要来自河北乡间的农民子弟，在他们影响下，河北农村的昆弋班尚有相当势力。1915年以后，在梅兰芳极力提倡昆曲的影响与带动之下，河北昆弋演员组班到京演出，主要有“荣庆社”、“同和社”、“福寿社”等，后来成为北昆演员的韩世昌、白云生、侯玉山即出身其中，他们对北昆的发展和延续起到很大的作用。
昆剧急剧衰落，梆子、皮黄勃兴，迫使昆剧演出与剧本创作不断挣扎着出新，出现了一些新戏，即“小本戏”、“新戏”和“灯戏”。剧目主要有：《红楼梦》、《呆中福》、《折桂传》、《描金凤》、《三笑姻缘》、《双珠凤》、《红菱艳》、《昆山记》、《双玉凤》等小本戏，《白牡丹》、《调新娇》、《玉堂金瓶》、《合欢乐》、《金蟾玉燕》等新戏，《火云洞》、《白蛇传》、《财运合》、《洛阳桥》、《神仙乐》、《五福堂》等灯戏。其间出现了高昌寒食生等一些剧作家。（来源：琴海音乐世界）
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